有機肥料雖然有許多優點，但是它也有一定的缺點，如養分含量少、肥效遲緩、當年肥料中氮的利用率低（約20%?30%)，因此在作物生長旺盛，需要養分最多的時期，有機肥料往往不能及時供給養分，常常需要用追施化學肥料的辦法來解決。有機肥料和化學肥料的特點分別如下。
有機肥料的特點：
含有機質多，有改土作用。
含多種養分，但含量低。
肥效緩慢，但持久。
有機膠體有很強的保肥能力。
養分全面，能為增產提供良好的營養基礎。
化學肥料：
能供給養分，但無改土作用。
養分種類單一，但含量髙。
肥效快，但不能持久。
濃度大，有些化肥有淋失問題。
養分單一，可重點提供某種養分，彌補其不足。
因此，為了獲得高產，提高肥效，就必須有機肥料和化學肥料配合使用，以便相互取長補短，緩急相濟。而單方面地偏重于有機或無機，都是不合理的。
