傳染病蟲害 雞糞中含有大腸菌、線蟲等多種病菌和害蟲，直接施用會讓這些病蟲害危害農作物。另外，未腐熟的有機物料在土壤中發酵，也會滋生病菌和蟲害，導致農作物發生病蟲害。
土壤缺氧 有機質在分解過程中會消耗氧氣，是土壤出現缺氧狀態，抑制作物的生長。
毒氣危害 在發酵過程中，會產生甲烷、氨等有害氣體，如果發酵前就直接施用在土壤中會使作物遭受酸害和根系損傷。
發酵燒苗 將未腐熟發酵的雞糞施用到土壤中，后期會在微生物的作用下腐熟發酵。若離作物根部較近且作物植株較小，發酵時產生熱量會影響作物的生長，嚴重的還會燒毀作物根系，導致死亡。
肥效緩慢 未經發酵腐熟的雞糞，養分多為有機態或緩效態，不能直接被農作物吸收利用。只有經過一段時間，分解轉化為速效態才能被作物吸收利用，因此肥效發揮緩慢。
