長期施用有機肥料，可以防止和減少環(huán)境污染。具體體現在兩個方面：
首先是利用人畜、家畜的排泄物積存制作為肥料施入土壤里，消除對一個局部地域的地表地下水資源、土地和小氣候的污染，減少對人畜、動植物病蟲危害的蔓延。
其次是由于長期施用有機肥，使土壤有機質含量增加和更新，這樣可以大大提高土壤的吸附能力，對去除土壤中有毒物質或減輕其毒害有利。
據研究，土壤腐殖質的存在對農藥的吸附，不僅控制了農藥在土壤中的殘留，而且起到了對殘毒的降解、流失和揮發(fā)。
另外，土壤中汞、鎘與鉻等重金屬的污染，通過土壤腐殖質與黏土礦物的吸附、化學沉淀和腐殖質的絡合作用，從而減輕了汞、鎘與鉻等重金屬對農作物的毒害，使農作物對這些有毒物質的吸收量大大減少。
